DOI:10.20047/j.issn1673-7210.2025.24.09
中图分类号:R285.5
丁志强, 孙治粤, 何星延, 邓梦婷, 朱熹, 程宝荣, 方红城, 李志芳
| 【作者机构】 | 广州中医药大学深圳中西医结合临床医学院; 深圳市中西医结合医院心血管病科 | 
| 【分 类 号】 | R285.5 | 
| 【基 金】 | 广东省中医药局科研项目(20231297) 深圳市自然科学基金面上项目(JCYJ20230807141402005) 深圳市“医疗卫生三名工程”资助项目(SZZYSM202106006)。 | 
附子为毛茛科植物乌头的子根加工所得,是传统中药的重要药材,历代本草记载其具“回阳救逆、补火助阳、散寒止痛”之效。现代临床中,广泛用于寒湿痹痛、心阳虚衰、水肿虚脱、阳痿宫冷等病症,疗效确切。其主要活性成分为生物碱,具有强心、抗炎、镇痛、抗抑郁及抗肿瘤等多种药理作用,对心力衰竭、关节炎、神经损伤等疾病显示良好干预潜力[1]。然而,附子的药效与毒性并存,毒性反应尤以心脏毒性最为突出。研究表明,乌头碱等双酯型生物碱通过激活钠通道引发神经兴奋、心律失常及心肌损伤,严重者可导致心源性猝死[2]。
尽管目前相关毒理研究日益增多,仍多局限于动物模型或单一成分验证,缺乏对毒性靶点和信号通路的系统解析。尤其在心脏毒性方面,尚缺乏多组学整合与网络建模等前沿策略的深入应用。本研究结合多数据库挖掘与分子模拟手段,系统解析附子“多成分-多靶点-多通路”介导心脏毒性的分子机制,弥补附子毒理研究在机制与整合层面的不足。本研究结果有望深化对附子毒性本质的理解,为其临床安全应用提供理论依据与风险干预参考。
本研究通过中医药整合药理学研究平台(Integrative Pharmacology-based Research Platform of Traditional Chinese Medicine,TCMIP)(https://www.tcmip.cn/),以“附子(FUZI)”为关键词筛选相关化学成分。考虑部分数据库缺乏明确毒性阈值,故采用文献验证、数据库注释与靶点可预测性三重标准,提高毒性成分筛选的科学性与可靠性。具体筛选以TCMIP中涉及“有毒”或“毒性相关”成分为基础,辅以文献报道中具有心脏毒性或生物碱类特征的附子化合物[3]。经PubChem(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)获取筛选化合物的结构信息,采用Swiss Target Prediction平台(http://www.swisstargetprediction.ch/)预测潜在靶点。剔除无法进行靶点预测的成分后,整合预测结果作为附子毒性化合物的潜在作用靶点,并通过UniProt(https://www.uniprot.org/)完成基因标准化注释。
以“Cardiotoxicity”和“Heart injury”为关键词,分别在GeneCard(https://www.genecards.org)、OMIM(http://www.omim.org)和DisGeNET(https://www.disgenet.org)数据库中检索,整合获取与心脏毒性相关的潜在靶点信息。随后将其与此前获得的附子毒性靶点取交集,筛选出附子可能作用于心脏毒性的关键靶点。
将附子经过初步筛选所得的潜在毒性化合物、交集靶点导入至Cytoscape 3.10.0构建“附子-毒性化合物-交集靶点”网络图,同时进一步筛选附子导致心脏损伤的关键核心毒性成分。
将交集靶点导入STRING数据库(https://string-db.org),设定物种为“Homosapiens”,交互置信度设为0.400,即平台推荐的中等置信标准,确保相互作用的可靠性与网络信息的完整性[4]。随后导出PPI网络并在Cytoscape 3.10.0中可视化,借助NetworkAnalyzer插件评估节点度值、介数中心性和接近中心性等拓扑参数,筛选潜在关键靶点。
通过Metascape平台(http://metascape.org/)对附子毒性相关靶点进行富集分析。设定物种为Homo sapiens,为控制多重比较带来的假阳性风险,设置显著性阈值P<0.01,并采用Benjamini-Hochberg方法进行FDR校正,以FDR<0.05作为显著富集的最终判定标准(平台默认)[5]。分析内容涵盖GO三大类:生物过程(biological process,BP)、细胞组分(cellular components,CC)和分子功能(molecular function,MF),以及KEGG信号通路,用于探讨靶点在附子诱发心脏毒性中的潜在生物功能及通路特征。
以筛选出的核心成分为配体,核心靶点为受体开展分子对接。化合物三维结构来自PubChem数据库,蛋白结构由RCSB PDB(https://www.rcsb.org)获取。采用AutoDock模拟对接,结合PyMOL绘制三维构象与Discovery Studio生成二维对接图,直观展示配体-靶点结合关系。分子对接结合能以≤-5.0 kcal/mol作为较强亲和力的判断标准,该阈值为当前分子模拟领域普遍采用的经验值,代表配体与靶点之间存在较稳定的结合倾向[6]。
分子动力学模拟使用AMBER22软件进行,蛋白与配体分别采用AMBER ff14SB和GAFF力场[7]。复合物置于半径1.2 nm的水盒中,加离子中和后进行能量最小化,并完成等温等容系综与等温等压系综平衡,使体系稳定于300 K、1 bar。随后开展100 ns模拟,每10 ps记录一帧,共获取10 000帧轨迹。轨迹分析由CPPTRAJ完成,自由能由MMPBSA.PY计算。设定100 ns模拟时长是因其广泛用于中小分子-蛋白复合物的稳定性评估。分析指标包括:均方根偏差(root mean square deviation,RMSD)衡量结构偏移;回旋半径(radius of gyration,RG)反映蛋白质原子分布的紧密程度;均方根波动(root mean square fluctuation,RMSF)反映残基柔性与波动;溶剂可及表面积(solvent-accessibility surface area,SASA)表示蛋白表面暴露于溶剂的面积[8]。这些参数用于综合评估复合物的结构稳定性与结合可靠性。
在TCMIP数据库中筛选附子化学成分,最终确定29个具有潜在毒性的化合物,见表1。预测获得262个潜在作用靶点,为后续靶点研究提供基础数据。
表1 附子的潜在有毒成分
 
    注“-”为暂无CAS ID。
在GeneCards、OMIM和DisGeNET数据库中检索与心脏毒性相关的靶点,分别得到1 892、482、861个靶点,整合去重后共获得2 391个非冗余靶点。与前述262个附子毒性靶点进行交集分析,筛得113个共同靶点,作为附子毒性成分的潜在心脏毒性作用位点。
在附子毒性成分与交集靶点的网络中(图1),以节点度值筛选核心成分。图中节点面积越大、颜色越深、连接越密,通常代表其网络重要性越高。根据度值排序,筛得核心毒性成分包括乌头碱(FZ1)、一枝蒿丙素(FZ7)、草乌甲素(FZ10)、去甲乌药碱(FZ17)、光翠雀碱(FZ18)、异飞燕草碱(FZ22)、14-O-芳酰新碱(FZ28)和黄草乌碱丙(FZ29)。
 
    图1 附子-毒性化合物-交集靶点网络图
将筛选得到的113个交集靶点构建PPI网络(图2)。并对网络进行可视化及拓扑分析,生成包含112个节点和1 067条边的相互作用网络。以节点的度值、介数中心性和接近中心性为筛选指标,分别取其中位数作为阈值(度值≥16,介数中心性≥0.003 57,接近中心性≥0.495 53),共筛选出37个关键靶点。按度值降序排列,前7个高中心性蛋白被定义为核心靶点,包括Akt1、IL-6、SRC、EGFR、STAT3、BCL2和ESR1。
 
    图2 附子与心脏毒性交集靶点PPI网络及关键靶点
PPI:蛋白质-蛋白质相互作用。
将113个交集靶点输入Metascape平台进行GO及KEGG分析。GO分析涉及1 396项BP,主要包括血液循环、循环系统过程、细胞对氮化合物的反应等;101项的CC主要是膜筏、膜微结构区、突触膜等;以及以蛋白激酶活性、磷酸转移酶活性(类受体)、组蛋白激酶活性为首的214项MF。KEGG分析显示附子通过168条信号通路导致心脏毒性作用。如图3~4所示。
 
    图3 潜在靶点GO分析
 
    图4 潜在靶点KEGG分析
KEGG:京都基因和基因组数据库。
2.6.1 核心毒性成分与心脏毒性靶点的分子对接分析利用AutoDock、PyMOL及Discovery Studio软件,将乌头碱(FZ1)、一枝蒿丙素(FZ7)、草乌甲素(FZ10)、去甲乌药碱(FZ17)、光翠雀碱(FZ18)、异飞燕草碱(FZ22)、14-O-芳酰新碱(FZ28)和黄草乌碱丙(FZ29)与Akt1、IL-6、SRC、EGFR、STAT3、BCL2、ESR1这7个核心靶点进行分子对接。结合能热图(图5)显示,所有复合物结合能均低于-5 kcal/mol,提示核心毒性成分与关键靶点间可能具有良好结合活性。其中,ESR1-去甲乌药碱结合能最低,为-8.7 kcal/mol。图6展示了部分核心配体与靶点的典型结合构象。
 
    图5 核心毒性成分与核心靶点结合能热图
 
    图6 部分核心毒性成分与核心靶点分子对接
A:Akt1-光翠雀碱;B:BCL-2-光翠雀碱;C:EGFR-乌头碱;D:ESR1-去甲乌药碱。
2.6.2 分子动力学模拟和自由能分析 基于对蛋白复合物进行分析,其中ESR1-去甲乌药碱与EGFR-乌头碱复合物因展现出稳定氢键及强疏水互作的“高亲和-高稳定”结合特征,被选为分子动力学模拟代表。RMSD分析显示,两组复合物在5 ns后分别稳定于0.6~0.8 Å 与0.5~0.7 Å,远低于5Å 漂移阈值,未发生整体构象偏移;RG值分别维持于17.2~17.3 Å 和18.4~18.6 Å,提示蛋白三级结构稳定紧凑。结合界面残基RMSF值普遍低于1.0 Å,提示配体限制了局部涨落,符合“构象选择”机制。二者SASA值均稳定于12000~13000Å2,提示疏水核心完整且未受破坏。进一步通过MM/PBSA计算,ESR1-去甲乌药碱与EGFR-乌头碱的结合自由能分别为(-20.72±1.90)kcal/mol和(-35.76±2.94)kcal/mol,均为热力学自发结合,主要驱动力为范德华力与静电作用。见图7、表2。
 
    图7 分子动力学模拟结果
表2 蛋白与配体复合物相互作用能(kJ/mol)
 
   临床常采用先煎、久煎等方法减弱附子毒性。研究表明,煮制、去皮、切片等处理可促使二酯类生物碱水解为单酯类,显著降低其心脏毒性[9]。
本研究通过网络毒理学分析,确定附子心脏毒性核心靶点包括Akt1、IL-6、SRC、EGFR、STAT3、BCL2和ESR1。Akt1是PI3K/Akt通路关键分子,调控心肌细胞存活和代谢。研究表明,Akt1抑制会增强细胞对心脏毒性药物(如阿霉素)的敏感性,是重要致毒靶点之一[10]。IL-6结合其受体后可促进STAT3的磷酸化、二聚化及核转位,调控下游基因表达,并激活PI3K/Akt与JAK/STAT通路,诱导心肌肥大与重构[11]。SRC可通过调控PI3K/Akt与STAT3通路,参与心肌细胞的生长与凋亡[12]。同时活性SRC可抑制c-JunN端激酶和连接蛋白43的磷酸化,缓解阿霉素诱导的心肌损伤[13]。BCL-2是重要抗凋亡基因,在马兜铃酸改善心肌凋亡研究中,上调BCL-2并抑制胱天蛋白酶3活性及Bax蛋白表达,从而发挥保护作用[14]。ESR1编码雌激素受体,参与心肌间隙连接的维持与能量代谢调控。研究表明,其表达上调有助于稳定心肌结构,并通过转录调节机制支持心脏功能的正常维持[15]。
根据KEGG通路分析,附子诱导心脏毒性主要涉及PI3K-Akt、钙信号、EGFR和ErbB家族相关通路。在人参皂苷Rb1缓解乌头碱诱导的心肌损伤的研究中,PI3K/Akt激活可下调胱天蛋白酶3、Bax,增强BCL-2表达以减轻毒性损伤[16]。PI3K/Akt还调控哺乳动物雷帕霉素靶蛋白,其异常激活与附子毒性表型密切相关[9]。钙信号通路是另一关键机制,乌头碱等可干扰Na+通道,诱导Na+/Ca2+交换失衡,诱发Ca2+过载,导致下调BCL-2,在损伤心肌的同时也会增加心律失常风险[17]。EGFR属HER家族,其激活可调控细胞增殖、生存及迁移,研究显示,小分子酪氨酸激酶抑制剂通过阻断ATP与EGFR激酶结构域结合,可激活氧化应激,诱发心脏毒性[18]。此外,ErbB2抑制会干扰BCL-x剪接形式,激活内源性凋亡,损伤心肌细胞[19]。
二萜类生物碱是附子毒性的主要成分,其在体内主要通过细胞色素P450酶系代谢,细胞色素P450 3A4酶与细胞色素P450 2D6酶可介导乌头碱等发生去甲基化、脱氢、羟基化等反应,生成多种代谢产物[20]。尽管这些产物结构上有所改变,多数仍具有一定毒性。如苯甲酰乌头原碱作为乌头碱的脱酰基代谢物,虽毒性减弱,但仍可抑制心肌,机制可能涉及钠通道失活与钙稳态紊乱[21]。
综上所述,本研究基于网络毒理学、分子对接及分子动力学模拟技术,初步揭示了附子“多成分-多靶点-多通路”诱发心脏毒性的潜在机制。结果显示,乌头碱、一枝蒿丙素、草乌甲素、去甲乌药碱、光翠雀碱、异飞燕草碱、14-O-芳酰新碱及黄草乌碱丙等核心毒性成分,可能通过Akt1、IL-6、SRC、EGFR、STAT3、BCL-2、ESR1等关键靶点,调控PI3K-Akt、钙信号、EGFR等通路,诱导炎症反应、氧化应激积累、钙稳态破坏和细胞凋亡等,相关结果为深入阐明附子心脏毒性机制提供了理论依据。
利益冲突声明:本文所有作者均声明不存在利益冲突。
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