DOI:10.20047/j.issn1673-7210.25090448
中图分类号:R711.75
李文平, 黄艳辉
| 【作者机构】 | 湖北中医药大学中医学院; 武汉市中医医院湖北中医药大学附属国医医院妇科 |
| 【分 类 号】 | R711.75 |
| 【基 金】 | 国家中医药管理局第五批全国中医临床优秀人才研修项目(国中医药人教函〔2022〕1号) 湖北省武汉市卫生健康委员会医学科研项目(WZ20M02) 湖北省中医药管理局中医药科研项目(ZY2025D005)。 |
早发性卵巢功能不全(premature ovarian insufficiency,POI)是一种常见的高度异质性的女性生殖系统疾病,主要表现为女性在40岁以前出现月经紊乱、血清促卵泡激素水平升高和雌激素水平下降及不孕等症状[1]。除了对生殖健康的影响外,POI还可能会增加心血管疾病、神经系统疾病、骨质疏松症等的患病风险,同时,POI患者的死亡率也较正常女性升高[2-3]。据统计,全球约有3.5%的女性患有POI[4]。然而,POI的病因与发病机制较为复杂,受遗传、免疫性疾病、生活方式、环境、医疗措施等因素的共同影响[5-6]。有研究表明肠道菌群与POI的发展密切相关,POI患者的肠道菌群与正常女性相比存在明显差异[7-8]。肠道菌群可能通过氧化应激、调节免疫、介导慢性炎症、调节激素水平等多种途径参与POI的发病[9]。但目前两者之间的关系仍缺乏定论。
孟德尔随机化(Mendelian randomization,MR)是一种基于遗传变异的因果推理方法,其利用单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)作为工具变量探究暴露因素对结局指标的潜在因果效应。由于SNP在受孕时就已固定,且随机分配给子代,故与传统的观察性研究比较,MR可有效避免反向因果及混杂因素的干扰[10]。因此本研究拟使用全基因组关联研究数据,通过MR分析,探讨肠道菌群与POI之间的因果效应,以期为POI的发病机制及治疗提供依据与新思路。
本研究采用两样本MR分析方法,以评估肠道菌群与POI之间的因果关联。MR研究的实施遵循以下3个基本假设:①关联性假设。遗传变异与暴露因素之间存在强相关性。②独立性假设。遗传变异与其他混杂因素不存在相关性。③排他性假设。遗传变异与结局指标无直接关系,仅通过暴露因素对结局指标产生影响[11]。见图1。
图1 MR研究设计
本研究的遗传数据均获取自基于欧洲人群的大规模基因组数据库。肠道菌群遗传数据由荷兰微生物组计划(https://www.ebi.ac.uk/gwas/)于2022年发布,其样本量为7 738人,涵盖207个肠道微生物分类群和205个细菌代谢途径的关联分析结果,包含5 584 686个SNPs。POI的数据来自最新发布的Finn-Gen数据库(版本R12,2024年11月4日发布,https://www.finngen.fi/en/access_results),该数据集包含655例病例与267 780例对照,共有21 320 304个SNPs。为避免样本重叠可能导致的偏倚,本研究确保POI与肠道菌群所用数据集完全独立。这一方法有效增强因果推断的可靠性。
工具变量的筛选依据以下标准进行:首先,选取与肠道菌群显著相关的SNP(全基因组显著阈值P<5×10-8)[12]。为排除连锁不平衡对结果的影响,进一步设定连锁不平衡参数为r2<0.001,遗传距离阈值为10 000 kb,以保留相互独立的SNP。同时,剔除次要等位基因频率低于0.01的位点,以控制潜在的人群分层偏倚。
为评估工具变量强度,本研究计算每个SNP的F统计量,并排除F<10的弱工具变量,以降低相关偏倚风险。工具变量强度通过以下公式进行评估:F=(β2/S.E.2)。其中,β为SNP对暴露因素的效应值,S.E.为β的标准误。从FinnGen数据库中提取与结局指标相关的SNP,并排除未达到显著性水平(P>5×10-8)的变异。在整合暴露因素与结局指标数据集时,对SNP进行协调处理,并剔除可能引起链方向歧义的回文SNP。此外,利用PhenoScanner数据库检索并排除与已知混杂因素相关的SNP。
所有统计分析均在R软件(v4.5.1)中完成,主要使用MR-PRESSO(v1.0)与TwoSampleMR(v0.6.17)软件包。本研究以逆方差加权法(inverse variance weighting,IVW)作为核心因果推断方法,同时辅以多种分析方法,包括MR-Egger回归法、简单模式法、加权中位数与加权模式法。因果关系的判定标准如下:若IVW结果显示P<0.05,且所有补充方法所得的因果效应方向均与IVW一致,则认为暴露因素与结局指标之间存在显著因果关系。满足上述显著性及方向一致性要求的结果,方被纳入后续分析。
为评估因果推断结果的稳健性与可靠性,本研究系统进行异质性检验、水平多效性检验与留一法分析。采用Cochran’s Q检验评估工具变量间的异质性,若检验结果P>0.05,则表明SNP间不存在显著异质性;针对潜在的水平多效性偏倚,使用MR-Egger回归进行检验,其截距项P>0.05则无显著水平多效性[13]。此外,还借助MR-PRESSO方法识别并剔除可能存在的离群SNP,以进一步控制多效性偏倚对结果的影响。最后,通过留一法分析逐一剔除每个SNP后重复进行IVW分析,以判断单个SNP对整体因果估计值是否产生过度影响,从而确保结果的稳定性。
本研究采用两种互补方法进行多重检验校正。首先,使用Bonferroni校正法设定以下调整后P值阈值:2.42×10-4(0.05/207)[14]。达到P<0.05但未超过校正阈值的关联被视为提示性证据。其次,为控制多重检验可能造成的Ⅰ类错误,本研究采用Benjamini-Hochberg错误发现率(false discovery rate,FDR)对主要IVW估计值进行校正。FDR校正后P值<0.1的关联被认为具有统计学显著性,而P值<0.05但FDR ≥0.1的关联则被视为提示性证据[15]。
按上述条件,在207个肠道菌群中共筛选得到1 822个SNPs。IVW分析结果显示5种肠道菌群与POI存在因果关联。δ-变形菌纲[OR=0.499,95%CI(0.270~0.921),P=0.026]、脱硫弧菌科[OR=0.499,95%CI(0.270~0.921),P=0.026]、脱硫弧菌目[OR=0.499,95%CI(0.270~0.921),P=0.026]、丹毒丝菌科[OR=0.702,95%CI(0.505~0.976),P=0.035]、Alistipes属[OR=0.548,95%CI(0.313~0.959),P=0.035]均与POI呈负相关。值得注意的是,所有补充的MR分析方法所得到的效应方向均与IVW一致,这进一步支持了上述因果关联。见表1。散点图见图2。
表1 正向MR分析结果
暴露结局SNPs数量(个)MR方法P值OR值(95%CI)FDRδ-变形菌纲POI5IVW0.0260.499(0.270~0.921)0.000 2加权中位数法0.1160.331(0.112~0.978)MR-Egger回归法0.0380.417(0.183~0.951)简单模式法0.1250.334(0.110~1.013)加权模式法0.1160.331(0.112~0.978)脱硫弧菌科POI5IVW0.0260.499(0.270~0.921)0.044 0加权中位数法0.0480.444(0.198~0.993)MR-Egger回归法0.4540.236(0.874~0.956)简单模式法0.1150.335(0.115~0.973)加权模式法0.1200.332(0.111~0.993)脱硫弧菌目POI5IVW0.0260.499(0.270~0.921)0.210 0加权中位数法0.0220.688(0.499~0.948)MR-Egger回归法0.6560.690(0.482~0.987)简单模式法0.1180.756(0.577~0.991)加权模式法0.1270.764(0.615~0.950)丹毒丝菌科POI12IVW0.0350.702(0.505~0.976)0.197 0加权中位数法0.1860.765(0.592~0.988)MR-Egger回归法0.8330.819(0.684~0.982)简单模式法0.0830.822(0.714~0.946)加权模式法0.0410.838(0.708~0.993)Alistipes属POI7IVW0.0350.548(0.313~0.959)0.278 0加权中位数法0.7370.877(0.409~0.881)MR-Egger回归法0.3610.588(0.209~0.956)简单模式法0.9830.986(0.294~0.938)加权模式法0.9670.975(0.304~0.923)
注 MR:孟德尔随机化;POI:早发性卵巢功能不全;SNP:单核苷酸多态性;IVW:逆方差加权法;FDR:错误发现率。
图2 肠道菌群与早发性卵巢功能不全因果关系的散点图
Cochran’s Q检验IVW和MR-Egger的结果均显示P>0.05,提示不存在异质性。MR-Egger截距法的结果显示P>0.05,提示不存在水平多效性。MR-PRESSO分析中未发现离群值。见表2。留一法分析显示,逐一剔除SNP后,分析结果保持一致,提示MR分析结果稳健(图3)。漏斗图SNP散点对称性良好,提示结果受混杂因素的影响较小(图4)。
表2 异质性检验和水平多效性检验
异质性检验水平多效性检验暴露因素IVW Q值IVW Q_P值MR-Egger Q值MR-Egger Q_P值MR-Egger截距MR-Egger截距P值MR-PRESSO P值δ-变形菌纲2.1710.7042.1320.5450.0420.8560.726脱硫弧菌科2.1710.7042.1320.5450.0420.8550.709脱硫弧菌目2.1710.7042.1320.5450.0420.8560.742丹毒丝菌科18.9710.06218.1890.052-0.0840.5260.080 Alistipes属3.2240.3446.7540.666-0.2380.1190.381
图3 肠道菌群与早发性卵巢功能不全因果关系的留一法分析结果
图4 肠道菌群与POI因果关系的漏斗图
肠道菌群作为栖息在人类胃肠道内最大的微生物群,与人体衰老及衰老相关的疾病存在着密切关系[16]。越来越多的证据表明,肠道菌群与卵巢衰老之间存在联系。一项观察性研究发现,与对照组比较,POI组肠道菌群中拟杆菌、双歧杆菌、普雷沃菌等相对丰度均增加,粪杆菌与瘤胃球菌丰度下降[7]。多次动物实验观察到,POI模型小鼠体内肠道菌群拟杆菌、双歧杆菌、普雷沃菌、瘤胃球菌丰度的变化,这些菌群都是短链脂肪酸的重要产生者[17-19]。短链脂肪酸对调节卵巢功能有一定作用,如丁酸可通过抑制甲基转移酶样蛋白3的表达改善颗粒细胞的新陈代谢,乙酸通过抑制组蛋白去乙酰化酶增加17-β雌二醇水平预防卵巢功能障碍[20-21]。拟杆菌作为革兰阴性菌,其外膜的脂多糖可诱导辅助性T细胞17激活产生白细胞介素-17促进炎症反应,而炎症反应被认为是POI的发病机制之一[22]。
本研究采用两样本MR方法,首次从遗传角度系统评估肠道菌群与POI之间的因果关联。MR分析结果显示,δ-变形菌纲、脱硫弧菌科、丹毒丝菌科、脱硫弧菌目、Alistipes属与POI的发病呈负相关,这些菌群可能是POI发病的保护因素。本研究结果在遗传层面为肠道菌群参与POI发病机制提供新的证据。
δ-变形菌纲及其下属的脱硫弧菌目、脱硫弧菌科均属于硫酸盐还原菌,其代谢产物硫化氢已被证实可通过抑制炎症小体激活,发挥抗炎作用[23]。POI的发生与慢性炎症状态密切相关,而本研究中这些菌群所表现出的保护效应,提示其可能通过调节宿主免疫与炎症反应,延缓卵巢功能衰退的进程。研究发现,POI模型小鼠体内脱硫弧菌相对丰度较健康小鼠降低[17]。因此,脱硫弧菌的丰度下降可能通过减少内源性硫化氢的产生,导致炎症小体过度激活,进而参与并加重POI的发展。
丹毒丝菌科属于厚壁菌门,其水平升高与代谢紊乱、肠道炎症有关[24]。然而,目前关于丹毒丝菌科与卵巢功能有关的研究相对缺乏,虽然此次MR结果显示,丹毒丝菌科对POI起保护作用,但其潜在的作用机制仍不清楚,需要未来开展更深入的探究。
Alistipes属是一种相对较新的细菌属,是拟杆菌门的一个分支,是丙酸、乙酸等短链脂肪酸的重要生产者。本研究通过遗传工具变量预测发现,Alistipes属丰度升高与POI风险降低存在因果关联。动物实验表明短链脂肪酸可改善颗粒细胞代谢、抑制凋亡并调节雌激素合成,但MR分析无法直接验证该通路是否为Alistipes作用的关键中介[25]。
本研究基于大规模遗传数据进行MR分析,有效控制混杂因素与反向因果干扰,增强因果推断的可靠性。但需注意以下局限:首先,数据均来源于欧洲人群,而肠道菌群构成及其与宿主的相互作用存在种族和地域差异,受饮食、环境等因素影响,故此结果外推至其他人群时应谨慎,未来需在不同人群中进行验证。其次,MR分析仅能评估遗传预测的暴露-结局关联,无法阐明具体生物学机制,后续需结合实验研究深入探讨相关通路。此外,分析主要集中于科、属水平,未能反映种或菌株水平的特异性作用。尽管如此,本研究仍为POI的微生物组病因提供新的遗传学证据,为未来跨人群验证及机制探索提供参考。
利益冲突声明:本文所有作者均声明不存在利益冲突。
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Mendelian randomized study of the causal relationship between gut microbiota and premature ovarian insufficiency
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